En 1926 la Secretaría de Educación Pública tuvo noticias de un libro publicado ese mismo año en los Estados Unidos: La Ciudad del Pozo Sagrado, de Theodore A. Willard, en el que se narra la exploración del Cenote Sagrado de Chichén Itzá, realizada por Edward H. Thompson.
El relato de Willard es una crónica del género de viajeros y exploradores; presenta una extensa descripción natural del cenote, datos culturales del pueblo maya, aspectos de la personalidad de Thompson y de los obstáculos que enfrentaron para desenterrar del fondo piezas que llevaban siglos ahí.
La narración encuentra su clímax cuando, tras muchas dificultades, la tosca draga de hierro que utilizaron para explorar el fondo del cenote comenzó a extraer objetos del antiguo pueblo de los itzaes; primero unas bolas de incienso de copal, después machetes de madera, una lanzadera más tarde; y así, paulatinamente, hasta que aparecieron piezas ornamentales, antiguas sandalias, campanas de cobre, numerosas figuras de jade, pedazos de cerámica, joyas, anillos y medallones de oro y esqueletos humanos, restos arqueológicos a los que el propio Thompson atribuyó un “valor estimativo incalculable”.
Willard destacó el papel de Thompson en su calidad de primer arqueólogo del Cenote Sagrado. Al conocer este relato, la Secretaría de Educación Pública inició una denuncia ante la Procuraduría General de la República por el “delito de robo de objetos arqueológicos”, presentando varios capítulos del libro de Willard como pruebas.
Un grupo de coleccionistas asentados en Boston, Massachusetts, apoyaron a Edward Thompson para obtener su nombramiento como cónsul en 1885, al considerarlo un investigador experimentado en la península de Yucatán. Thompson discutió sus planes para dragar el Cenote Sagrado desde 1895 con el académico William Holmes, quien estaba de visita en Chichén Itzá. Sin embargo, fue hasta 1904 cuando finalmente puso manos a la obra gracias al apoyo de sus patrocinadores bostonianos, quienes le facilitaron dinero y un artefacto especial para alcanzar el fondo del cenote: una pesada draga que fue transportada desde Estados Unidos. La máquina fue operada sin los cuidados necesarios, dañando las frágiles piezas que llevaban siglos bajo el agua.
Cuando el dragado del cenote dejó de ser eficaz para extraer piezas del fondo, un equipo de buzos griegos se sumergió con Thompson. Sacaron a la superficie miles de objetos de gran importancia para la arqueología, y de alto valor monetario. En su libro, Willard consideraba que eran ofrendas de cosas destruidas a propósito, es decir, objetos que eran “matados” antes de ser arrojados al agua; esta idea que coincide con la noción del Xibalbá de algunos pueblos mayas, que asocia los sitios subterráneos y húmedos a la putrefacción y la fertilidad. Algunas de las piezas extraídas del cenote fueron fabricadas en lugares tan lejanos como la actual Colombia.
La draga utilizada fue un artefacto de fierro sólido, formado por secciones que se cerraban en forma de garra semicircular para extraer material del fondo del cenote y subirlo hasta la superficie por medio de una grúa que se instaló en la orilla del pozo.
Con apoyo de distintas personas y grupos, Thompson envió fuera del país decenas de miles de piezas arqueológicas de origen maya, la mayoría pasaron por el puerto de Progreso, para ser trasladadas por barco. El expediente de la Causa Penal 11/1926 menciona objetos prehispánicos que pasaban la aduana escondidos en cajas de frutas, así como algunos convertidos en lingotes de oro, ya que previamente Thompson los entregó a algún platero local para fundirlos.
Existían además varias denuncias del arqueólogo y fotógrafo austriaco Teobert Maler, llegado a México durante el imperio de Maximiliano. Fue él quien desde 1909 alertó a las autoridades de que Thompson estaba “dragando desesperadamente el cenote”, afectando las numerosas piezas extraídas. Ya en una ocasión anterior, Maler avisó que el Trono del Jaguarg Rojo, ubicado en la pirámide de Kukulcán, había sido empaquetado y escondido por Thompson para llevarlo al extranjero, gracias a lo cual fue recuperado.
En abril de 1923 la periodista Alma Reed, corresponsal en Yucatán del periódico The New York Times, publicó una nota sobre los trabajos de exploración del Cenote Sagrado, con información que le dio directamente el propio Thompson.
Edward Thompson tenía tres años viviendo en Estados Unidos cuando, en 1926, la Procuraduría General de la República inició la investigación para llevarlo a juicio. El caso penal inició en el Juzgado Primero de Distrito de Yucatán, donde el juez formó un expediente que eventualmente llegó hasta la Suprema Corte. La Procuraduría señaló que cuando Thompson extrajo las piezas ya existían leyes que protegían la propiedad de la Nación sobre los monumentos prehispánicos, emitidas en los años 1896, 1897 y 1902. Incluso se señaló que la protección de las zonas arqueológicas provenía de una disposición del rey Felipe II de1575. Además, las leyes prohibían la exportación de antigüedades mexicanas desde 1827.
Como pruebas se incluyeron: algunos capítulos del libro de Theodore A. Willard, mecanografiados en español; una lista de objetos extraídos del Cenote Sagrado, con su respectivo avalúo; una denuncia hecha por Teobert Maler en 1909, ante la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, encabezada por Justo Sierra; y un permiso que le fue negado a Thompson para explorar el cenote en 1911, cuando ya no tenía su cargo diplomático.
El proceso se prolongó durante casi una década, en la que Thompson escribió sus memorias, publicadas en Cambridge bajo el título: El pueblo de la serpiente. Vida y aventura entre los Mayas.
Las autoridades mexicanas solicitaron la colaboración de los museos extranjeros para identificar las piezas arqueológicas que les envió Thompson. También se recabaron testimonios y se inspeccionó el sitio de Chichén Itzá. El proceso penal se interrumpió de manera inesperada, sin llegar a la etapa de juicio, al recibirse la noticia de la muerte del excónsul en mayo de 1935, en su natal Massachusetts.
Muchas de las piezas arqueológicas extraídas por Thompson terminaron en las colecciones de algunos museos como el Museo Field de Chicago y el Museo Peabody de la Universidad de Harvard. Otras piezas del Cenote Sagrado fueron devueltas a México en 1976, pero fueron robadas, junto con otras, del Museo Nacional de Antropología, en la nochebuena de 1985. Cuatro años más tarde se recuperaron.